La Direction générale du Pilotage et des Affaires pédagogiques est responsable de l'organisation, l'opérationnalisation et l'amélioration continue du pilotage des établissements de WBE ainsi que du développement professionnel et de l'accompagnement des personnels pédagogiques et de direction. Elle est également responsable de la politique pédagogique et d'amélioration de la qualité des établissements de WBE.
Au sein de la Direction générale du Pilotage et des Affaires pédagogiques, le Service général de la Formation et du Développement des compétences (SGFDC) travaille pour construire une vision intégrée de la politique de formation WBE et pour un déploiement coordonné de l'offre de formation. Principalement, le Service général assure le développement et la mise en œuvre de l'offre de formation certificative et continuée destinée aux personnels de l'éducation de WBE. La formation professionnelle continue des personnels de l'éducation revêt aujourd'hui d'une importance particulière au regard des transformations liées à la mise en œuvre du Pacte pour un enseignement d'excellence.